তিনি বিএসএমএমইউয়ের স্বাধীনতা চিকিৎসক পরিষদের (স্বাচিপ) সভাপতি হিসেবে দায়িত্ব পালন করেছেন। অধ্যাপক ডা. মো. শারফুদ্দিন আহমেদ বরিশাল শের-ই-বাংলা মেডিকেল কলেজ (শেবাচিম) থেকে এমবিবিএস সম্পন্ন করেন। তার গ্রামের বাড়ি গোপালগঞ্জ জেলার কাশিয়ানী উপজেলার খায়েরহাটে।

বাংলাদেশ মেডিকেল অ্যান্ড ডেন্টাল কাউন্সিল (বিএমডিসি) স্বীকৃত তার ১০০টি জাতীয় ও আন্তর্জাতিক প্রকাশনা রয়েছে। বাংলায় চক্ষু-বিষয়ক তিনটি এবং ইংরেজিতে দুটি বই রয়েছে তার। তিনি ২৭তম এপিএও কংগ্রেস, বুসান, কোরিয়া ডিস্টিংগুইসড সার্ভিস অ্যাওয়ার্ড ২০১২ অর্জন করেন। আন্তর্জাতিক সম্মাননার মধ্যে রয়েছে- বিশিষ্ট পরিষেবা পুরস্কার, অন্ধত্ব প্রতিরোধ সম্মাননা, কমিউনিটি চক্ষু বিদ্যায় অসাধারণ কাজের জন্য পুরস্কার (এসএও) ২০১৮, স্বর্ণ পুরস্কার সিসিসি কলকাতা ২০১৯, এআইওসি অ্যাওয়ার্ড গুরুগ্রাম ২০২০।

অধ্যাপক ডা. মো. শারফুদ্দিন আহমেদ ১৯৯০ সালের স্বৈরাচারবিরোধী আন্দোলনে সক্রিয় ভূমিকা রাখেন। তিনি ১৯৯৩ সালে সেন্ট্রাল স্বাধীনতা চিকিৎসক পরিষদের প্রতিষ্ঠাতা যুগ্ম-সম্পাদক ছিলেন। তিনি বর্তমানে কেন্দ্রীয় স্বাধীনতা চিকিৎসক পরিষদের ইসি সদস্য। এক-এগারো পরবর্তী সময়ে শেখ হাসিনার মুক্তির লক্ষ্যে সকল আন্দোলন কর্মসূচিতে তিনি সক্রিয়ভাবে অংশগ্রহণ করে তৎকালীন সরকারের হয়রানির শিকার হয়েছিলেন।